剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。
明朝时期有一名女飞贼飞鹰（米雪 饰）劫富济贫，神捕陆战（元华 饰）也被她的风姿吸引，两人结合后生下一女，名叫陆拾义（周丽淇 饰），飞鹰也就此在江湖销声匿迹。长大后的拾义成为了一名女捕快，处处为百姓伸张正义，却被衙门中的男人看轻。刚好新上任的县令水东流整治官员中腐败现象，便与拾义联手破解了多宗奇案。
反黑组高级督察国锋（郭晋安 饰）为人正义、铁面无私，本来有一个其乐融融的家庭。不料却因整日忙于工作疏于照顾家庭而导致妻子阿玲和从美国回来的前男友阿John复合，离婚时国锋誓要取得儿子谦仔的抚养权。无奈下阿玲只得告知国锋真相，谦仔原来是她和前男友的儿子，于此同时谦仔得十分古怪的血液病，国锋无奈之下只好答应让谦仔跟阿John和阿玲移民美国去治病。国锋多年前曾亲手将自己的好友阿庭逮捕归案，阿庭别无所求，只求阿峰在他坐牢期间帮忙照顾他的女友阿兰（刘雅丽 饰）。阿兰经营着一间酒吧，由此经常有些麻烦，国锋次次都出面帮她解决。新调来的美女同事雅丽（袁洁莹 饰）误认为国锋因为阿兰才抛妻弃子，故对他一直看不顺眼。国锋的好友兼同事家荣（张家辉 饰）喜欢上了雅丽，三人在合作过程不时擦出火花。他们能否顺利处理好工作上、感情上的矛盾？
这次故事的舞台发生在海关入境处。作为入境处总入境助理的方浚杰（郭晋安 饰）一直以来都安于现状，因为曾经和上司麦启铭（姜大伟 饰）发生过冲突，对升值也不再抱有希望。和在深圳相识的内地女子张思敏（姚嘉妮 饰）结婚，终于等来了申请成功，本以为就此可以一家团聚的浚杰，却因为大嫂对妻子的排挤，矛盾颇多。为家务事烦恼的浚杰接到了更大噩耗是，妻子居然多年前曾在香港犯案，这让正义感颇强的浚杰无法接受。在妻子离开的过程中，浚杰的同期好友叶安琪（蒙嘉慧 饰）对他照顾有加，在这当中，浚杰同安琪的感情在滋长。而后，浚杰又认识了港口管制组入境主任欧顺风（邓健泓 饰），从误会到冰释前嫌，二人迅速结为好友。而浚杰也也迎来了其事业的转机…
一个以CID为故事主干线的剧集，对剧中警探除工作外的个人性格均有深刻描述，主角人物童芷珊在工作、家庭、爱情三方面的剧情更具吸引力。杨森（曾江）与陈刚（吕良伟）在警界共事多年，已成知交。刚已婚，并有一子，夫妇二人感情甚好。森则脾气刚烈，经常被投诉，於是常有机会与投诉科女沙展郭倩宜接触。森虽然在工作上与宜是对立，但私底下却对宜展开追求，後得刚之帮助，森终夺得美人归。刚与妻恩爱非常，但不幸地在一宗抢劫案中，刚妻被匪徒枪袭身亡，使刚大受打击。经此之後，刚性格已变为冷酷深沉，不苟言笑。数年後，森已升为沙展，宜亦升为警民关系科主任。森对众手足极为关怀，唯脾气仍然火爆，与宜在工作上的矛盾，日形严重，导致日後夫妇在感情上，出现危机。童芷珊（陈玉莲）是森手下一名女探员，家庭背景极为复杂，本与母及妹相依为命，及後珊母再嫁给一名好食懒非的歌手，引致珊与妹的不满，家庭冲突时起。珊的性格孤僻，冷若冰霜；其实外冷内热，对其妹尤其关心，而且在工作上，干劲十足，甚获森的赏识。
大理王子段誉（汤镇业 饰）为人刚正不阿，青年才俊风度翩翩，偶遇了丐帮帮主乔峰（梁家仁 饰），趣味相投的两人相见恨晚，结为了拜把兄弟。乔峰一生侠肝义胆，却偏偏屡遭奸人陷害，甚至一度被逼到了走投无路的境地，身边唯有红颜知己阿朱（黄杏秀 饰）的陪伴和信任。然而好景不长，在一场误会之中，乔峰误杀了挚爱阿朱，心痛欲绝。阿朱的妹妹阿紫（陈复生 饰）一直对乔峰情真意切，两人结伴远赴塞外，编织了一段传奇佳话。单纯善良的虚竹和尚（黄日华 饰）初出师门，却在机缘巧合之下习得了绝世武功，成为了逍遥派掌门。与此同时，段誉邂逅了美丽不可方物的王语嫣（陈玉莲 饰），陷入了一段复杂的恋情之中。
汤逊投资有限公司董事长汤柏荣的女儿汤倩文从外国回港，发觉家中发生巨变，母亲神秘死亡，哥哥被判入狱，而家族生意的控制权则落入了一个与其父有着不寻常关系的女人周咏诗手上。倩文回港不久，险些遭人绑架，但由于犯罪集团的失误而逃过一劫，期间更与被卷入绑架案的小偷王志祥及的士司机叶启泰攀上关系。犯罪集团随即从外地聘请神偷冯永来港，与叶启泰及王志祥合作，计划盗走由汤逊投资有限公司承保，价值连城的古董。岂料倩文机警地设下圈套令冯永等三人自投罗网，卷入汤家的家产争夺战中。
故事主要围绕方家一家人展开，方家以参茸海味店为祖业，十多年均由长女方沛琪（汪明荃）主理，现今发展已上轨道。琪一向是方家支柱，在外坚守祖业；在内则姐兼父职，对一向醉心于演艺事业的妹方沛恩（毛舜筠）及甚受方母宠爱的弟方沛辉，均严加管教，但却关怀备至，对母曾丽卿（谭倩红）则非常孝顺；而与方父老朋友兼海味店老伙计林汉忠（胡枫），感情甚佳，忠更视琪为契女。 琪欲放下事业、家庭的包袱与拍拖多年的男友结婚，却料不到男友已另结新欢，琪悲愤之余，决定提出分手。琪情变之时，幸得一位因工作而认识的朋友方咏诗（李司棋）开解，彼此后来更成好友。此时，诗母冯贵娥（南红）由美返港，透露诗与琪其实为同父异母的姐妹，二人均感晴天霹雳。 诗与琪本性格相投，二人亦惺惺相惜，然上代错综复杂之恩怨，加上重重误会，却把二人推到互不相容的地步，在事业及感情上均有纠葛。
湘西农家子弟狄云，自幼随师父铁锁横江戚长发和师妹戚芳习武务农。一天戚长发多年未见的师兄万震山派弟子来请戚长发去作客。三人到了万家。先是逢大盗吕通前来寻仇，狄云拼着受伤打退了吕通，却反而见疑于万家。先是万震山的八个弟子深夜寻衅，打了他一通。第二天他气不过他们的奚落嘲笑，用从一个老乞丐处学来的几招剑法回敬了其中几人。万震山疑心戚长发已学得师门不传之秘连城剑法又教给狄云，遂将戚长发诱入房中击杀，却又伪造现场反诬戚长发击伤了他而逃走，而已意犹未尽，复又设下圈套将见义勇为前往捉贼的狄云裁赃诬为强奸偷盗犯，打入死牢。万震山的儿子万圭假作好人，让戚芳以为他出钱出力想让狄云尽早出狱，其实却是买通官府将狄云轻罪重办。戚芳信以为真，又认定狄云确有其罪，虽然感情仍在，但对狄云也感到伤心和失望，终于嫁给了万圭。
画家郑板桥（王喜 饰）怀揣着报效国家的远大理想来到了扬州，期望自己能够在此施展抱负，然而现实残酷，等待着他的是不断的挫折和失败。终于，郑板桥如愿以偿进入了官场，却发现其中贪官污吏横流，完全不是他所想象的模样。在扬州，郑板桥邂逅了名为王一姐（黎姿 饰）的青楼女子，被其可怜的身世所打动，两人坠入了情网，然而这段感情遭到了王一姐之母的反对和阻挠，最终，郑板桥含恨娶了自己并不喜欢的徐氏（陈松伶 饰）为妻。在两人朝夕相处的日子里，善良温柔的徐氏渐渐获得了郑板桥的真心，可是，在一场意外中，徐氏为救郑板桥而死，临终前，她恳求郑板桥同饶五妹（胡杏儿 饰）结为夫妻。
征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪…
新興毒品「粉精靈」流竄市面，臥底潘奕風（馬貫東 飾）潛伏多年，終令真正製毒師一權世豪（杜燕歌 飾）被拘捕。但世豪金蟬脫殼獲得輕判！奕風為提防世豪出獄後會讓「粉精靈」再度肆虐，請求上司批准他組織臥底小組，調查向世豪提供原材料的上線，圖能將整條黑暗製毒鍊連根拔起。奕風找來三名各擅勝場的臥底嬌娃一「女版福爾摩斯」沈佳琪（張曦雯 飾）、「細心敏銳武術通」江妙姿（陳瀅 飾）、「百孌行走數據庫」童小茹（羅毓儀飾），以美貌設陷阱、以感性作利刃、以智慧當盔甲，接近目標人物一表面上是慈善商家劉彪（關禮傑 飾）和卡邦妮（邵美琪 飾）夫婦，及其背後的四聯商會。四聯商會勢力龐大，滴水不漏，唯一突破點便是劉氏夫婦的女兒劉寶儀（鍾柔美 飾）。奕風此次任務雖然獲得直屬上司禤步青（黃子雄 飾）鼎力支持，卻被鄰組警司郭宗南（黃子恆 飾）懷疑他在任臥底期間，早已變節。奕風挺著腹背受.
80年代的香港蛟龙城寨，黑帮横行、警界腐败。城寨里唯一的大学生何初三，原本只想奋力读书、离开这片泥淖，却因黑帮的计画，被副堂主夏六一强行拉入局中。随着阴谋与权力暗潮汹涌，两人从被迫合作到并肩复仇，一个是腹黑深情的金融操盘手，一个是野性温柔的黑道红棍，在这座无法无天的城寨里，他们在黑白边缘相爱，能为对方杀出一条生路？
